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Durante la pandemia de COVID-19, el mundo ha sido testigo del potencial del nuevo coronavirus para mutar constantemente mientras se mantiene circulando. Y aunque mutar es una característica común en cualquier virus con material genético ARN y la mayoría de errores en su replicación carecen de importancia, de vez en cuando, un conjunto de mutaciones logran mejorar la capacidad de transmisión del SARS-CoV-2, dando paso a una variante de preocupación con el potencial para alargar el curso de la pandemia, como ha ocurrido con Delta y Ómicron.
Además de la vigilancia estrecha, saber más sobre cuándo y dónde aparecerá una nueva variante con potencial de preocupación es clave para acelerar el fin de la pandemia y un nuevo estudio al respecto está obteniendo pistas que podrían llevar el origen de cuatro ‘linajes crípticos’ recién descubiertos.
El proyecto nació en marzo de 2020 cuando un grupo de científicos solicitó al Departamento de Protección Ambiental de Nueva York el acceso a muestras del agua residual, con el fin de analizar si existían rastros del coronavirus en los desechos que corren debajo de la ciudad.
Al margen de los hallazgos esperados de mutaciones ya conocidas, en enero pasado, el equipo encontró un conjunto de fragmentos virales que poseen mutaciones inéditas de SARS-CoV-2 nunca antes vistas en alguna muestra humana secuenciada en Nueva York o el resto del mundo.
El hallazgo de este grupo de mutaciones (llamadas ‘linajes crípticos’ por los autores) sugiere que distintas variantes aún sin identificar llevan circulando al menos un año en la ciudad, un dato que apoya la idea de que no se trata de variantes con el potencial para provocar una nueva ola de casos, sino de linajes que han coexistido al margen del predominio de Delta u Ómicron en el último año.
Las variantes encontradas en el alcantarillado de Nueva York comparten algunas mutaciones con Ómicron que aumentan la transmisibilidad del virus; sin embargo, su origen sigue siendo la principal incógnita a resolver para los científicos que participan en el estudio publicado recientemente en Nature Communications.
Con el fin de obtener una mayor cantidad de datos, desde junio de 2020, el equipo comenzó a analizar muestras provenientes de las 14 plantas de tratamiento de aguas residuales de Nueva York; sin embargo, los ‘linajes crípticos’ han mostrado un comportamiento consistente y contrario a lo que los autores esperaban, han aparecido únicamente en las muestras de tres plantas de la ciudad.
Una primera teoría para explicar su origen sugería que los ‘linajes crípticos’ tenían un origen humano y que provenían de personas que han enfermado y sus muestras no han sido secuenciadas, una posibilidad que cobró fuerza al tomar en cuenta que poco menos del 13 % de los casos de COVID-19 en Nueva York han sido secuenciados.
Los restos de virus de las personas contagiadas (incluso las asintomáticas) viajan por las aguas residuales a través de la materia fecal e incluso la concentración de virus en estas muestras puede funcionar como un indicador que revela un aumento de contagios algunas semanas antes de que sean reportados oficialmente.
Esta teoría se apoya en la creciente evidencia de que los pacientes que enfrentan COVID-19 grave durante un largo periodo (o bien, las personas con un sistema inmune deprimido) podrían favorecer la aparición de nuevas variantes.
No obstante, el hecho de que las muestras de los linajes crípticos únicamente provengan de tres plantas de aguas residuales complica la explicación anterior, pues resulta poco probable que una variante con tales características no se extienda al resto de la ciudad y el mundo.
De ahí que una segunda teoría que explica que las mutaciones identificadas en el agua residual de Nueva York están relacionadas con un origen animal esté ganando fuerza. Y tratándose del sistema de alcantarillado, el primer sospechoso de los científicos fueron las ratas que habitan en él.
A partir de este supuesto, el equipo comenzó a analizar las muestras en busca de restos de material genético de origen animal y encontró una proporción similar de restos de humanos, perros, gatos y ratas, sin una prevalencia especial de genes de roedores. Además, a partir de una colaboración con instituciones oficiales, la investigación ha buscado el virus en muestras de sangre y heces de ratas sin éxito alguno.
La principal preocupación al respecto es la posibilidad de que el virus transmitido de humanos a animales, encuentre un nuevo reservorio animal en donde pueda mutar y regresar a nuestra especie con nuevas características.
Aunque la información obtenida hasta el momento resulta insuficiente para revelar el origen de los ‘linajes crípticos’, el equipo ha ampliado la búsqueda en aguas residuales de otros estados de los EEUU, con el fin de encontrar más pistas que permitan conocer un posible origen común de nuevas variantes de coronavirus.
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